東部地區包括海岸山脈、花東縱谷、綠島、蘭嶼和小蘭嶼。
海岸山脈的都巒山層是由安山岩質集塊岩所組成的巨厚地層,厚度大約一千多公尺;而奇美地區以奇美火成雜岩聞名。所謂的火成雜岩是指各種火山岩類和熔岩所堆積而成的總稱;東部外海的綠島、蘭嶼和小蘭嶼是由安山岩類所構成的火山島。
除了安山岩類之外,海岸山脈的利吉層中夾有許多基性和超基性的火成岩,如玄武岩、輝長岩和蛇紋岩。這些火成岩統稱為蛇綠岩系,是來自海洋地殼的物質。
2000萬年~1000萬年前
南中國海的岩石圈向東隱沒到菲律賓海板塊之下,且在地底約100公里處熔化成為岩漿。岩漿沿著菲律賓海板塊裂隙上升,形成一系列的火山島,包括綠島、蘭嶼、小蘭嶼,海岸山脈就位在一系列火山島的最北端,這一系列的火山島嶼也稱為呂宋火山島弧。
1000萬年~600萬年前
菲律賓海板塊持續向西北移動,並與歐亞大陸邊緣產生擠壓。此時台灣島開始隆起,沉積物也在台灣東側的海域形成了許多深海沖積扇。
600萬年前以來
呂宋火山島弧更加接近歐亞大陸,台灣島變得更高、更大。
現今
花東縱谷是指中央山脈與海岸山脈之間的狹長谷地。菲律賓海板塊至今仍繼續活動中,所以做為板塊交接處的花東縱谷是一條活動的斷層帶,稱為花東縱谷斷層,這是台灣島上最大的斷層。每年台灣島上75%的地震是發生在東部地區,大部分的地震與花東縱谷斷層的活動有密切關係。現在海岸山脈相對於中央山脈還持續的向西北移動,並且向中央山脈擠壓,這也是造成台灣島還一直在隆起的主要原因。
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